嗨社区,
这篇文章公开介绍我的 iris-fhir-client 客户端应用。
iris-fhir-client 可以可以借助嵌入式 python 连接到任何开放的 FHIR 服务器 fhirpy 图书馆.
通过终端和使用 CSP Web 应用程序获取资源信息。
嗨社区,
这篇文章公开介绍我的 iris-fhir-client 客户端应用。
iris-fhir-client 可以可以借助嵌入式 python 连接到任何开放的 FHIR 服务器 fhirpy 图书馆.
通过终端和使用 CSP Web 应用程序获取资源信息。
在创建一个或多个立方体后,你通常会创建并打包一组透视表和仪表盘,而用户通常会根据需要创建新的透视表和仪表盘。
本章简要地引导你了解创建透视表和仪表盘的过程。它包括以下几个步骤。
在本教程的前面,我们创建了一个使用Patients cube的透视表。现在让我们创建使用你的新立方体Tutorial的透视表。
一个主题区是一个子立方体,可以选择覆盖项目的名称。你定义一个主题区是为了使用户能够关注较小的数据集,出于安全原因或其他原因。本章讨论了以下主题。
在本教程中,我们创建了两个主题区域,按邮政编码划分患者:
要创建主题区域,请做以下工作。
到目前为止,我们所创建的每个维度都包含一个具有一个level的层级结构。在这一节中,我们将在HomeD维度的层级结构中添加一个level。
点击主页,Analytics - > 模型。
.png)
系统会创建cube类,你也可以在Studio中查看和修改。
类浏览器提供了你的基类的类属性(除了关系属性)的有用视图,这使得基于这些属性创建DeepSee元素非常容易。然而,重要的是要知道,尽管这个视图提供了一个访问某些属性的方便方法,你也可以使用源表达式来访问任何数据。这些源表达式是在构建cube时进行评估的,因此不会影响你的运行时性能。
注意:基表是Patients,这意味着所有的度量都是关于病人的数据总结。
InterSystems DeepSee的目的是使你能够将BI嵌入到你的应用程序中,这样你的用户就可以对他们的数据提出和回答复杂的问题。你的应用程序可以包括仪表盘,它包含图形部件。这些部件用来显示数据,由透视表和KPIs(关键绩效指标)驱动。对于一个透视表,用户可以显示一个列表,用其显示源值。
透视表、KPIs和列表是查询,在运行时执行。
数据透视表可以对运行时的输入作出反应,如用户的过滤器选择。在内部,它使用一个MDX(MultiDimensional eXpressions)查询,与DeepSee cube进行通信。一个cube由一个事实表和其索引组成。一个事实表由一组事实(行)组成,每个事实对应于一个基本记录。例如,这些事实可以代表病人或部门。DeepSee还生成了一组维度表(level tables)。所有的表都是动态维护的,根据你的配置和实现,DeepSee检测你的事务表的变化,并传播到事实表。当用户在分析器中创建透视表时,DeepSee会自动生成一个MDX查询。
KPI也可以对运行时的用户输入做出反应。在内部,它使用MDX查询(与DeepSee立方体)或SQL查询(与任何表)。在这两种情况下,你都可以手动创建查询,或从其他地方复制它。
比较不同的商业智能技术是非常有趣的。我很好奇它们在功能、开发工具、速度和可用性方面有什么不同。
在这个应用程序中,我选择了一个有欧洲各国水状况的数据集。这是一个开源的数据集,包含1991年到2017年的观测数据。
团队和我决定使用IRIS BI、Tableau、PowerBI和InterSystems Reports(由Logi Reports驱动)在这个BI数据集的基础上制作一个模型
对于前端,我们通过Embedded Python在PythonFlask中制作了一个网页界面。
顺便说一下,其结果可以在这个网页上看到:http://atscale.teccod.com:8080/
你可以看看demo stand (演示台),因为从资源库部署一个容器可能需要多至20分钟的时间。大量的python包,后面会有更多的原因。
主页面
事实上,数据似乎很小,期间只有17年 :)
因此,在现有的基础上,我想延续数据集,为此使用了一个神经网络。使用同样的嵌入式Python,使用了Tensorflow,这个包下载后占据了511MB,不要惊讶
实际上,这也是容器部署时间长的原因--为神经网络下载了很多包,相当多的相关包,安装时间很长。不过会有一篇关于神经网络和Integrated ML(一体化机器学习)的单独文章,我很快会发表。
我们很高兴与你分享有趣的信息,以及告诉你为什么Python是好的,它被用在哪里。
其中使用最多的库是NumPy和Pandas。NumPy(Numerical Python)用来对大型数据集进行分类。它简化了数组上的数学运算及其矢量化。Pandas提供两种数据结构:系列Series(一个元素列表)和数据框架DataFrames(一个有多列的表格)。这个库将数据转换为数据框架,允许你删除和添加新的列,以及执行各种操作。
Python为数据分析项目提供了无数的工具,可以帮助完成任何任务。
以下步骤展示如何显示 /api/monitor 服务提供的指标列表示例。
在上个帖子中,我概述了以 Prometheus 格式显示 IRIS 指标的服务。 该贴介绍了如何在容器中设置和运行 IRIS 预览版 2019.4,然后列出了指标。
本帖假定您已安装 Docker。 如果未安装,现在就为您的平台安装吧 :)
按照预览发行版的下载说明下载预览版许可证密钥和 IRIS Docker 映像。 例如,我选择了 InterSystems IRIS for Health 2019.4。
按照 Docker 容器中的 InterSystems 产品初见中的说明操作。 如果您熟悉容器,请跳转到标题为“下载 InterSystems IRIS Docker 映像”的部分。
以下终端输出说明了我用来加载 docker 映像的过程。 docker load 命令可能需要几分钟的时间才能运行;
$ pwd
/Users/myhome/Downloads/iris_2019.4
$ ls
InterSystems IRIS for Health (Container)_2019.4.0_Docker(Ubuntu)_12-31-2019.ISCkey irishealth-2019.4.0.379.0-docker.tar
$ docker load -i irishealth-2019.4.0.379.0-docker.tar
762d8e1a6054: Loading layer [==================================================>] 91.39MB/91.39MB
e45cfbc98a50: Loading layer [==================================================>] 15.87kB/15.87kB
d60e01b37e74: Loading layer [==================================================>] 12.29kB/12.29kB
b57c79f4a9f3: Loading layer [==================================================>] 3.072kB/3.072kB
b11f1f11664d: Loading layer [==================================================>] 73.73MB/73.73MB
22202f62822e: Loading layer [==================================================>] 2.656GB/2.656GB
50457c8fa41f: Loading layer [==================================================>] 14.5MB/14.5MB
bc4f7221d76a: Loading layer [==================================================>] 2.048kB/2.048kB
4db3eda3ff8f: Loading layer [==================================================>] 1.491MB/1.491MB
Loaded image: intersystems/irishealth:2019.4.0.379.0
$ docker images
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
intersystems/irishealth 2019.4.0.379.0 975a976ad1f4 3 weeks ago 2.83GB
为简单起见,将密钥文件复制将用于持久性存储的文件夹位置,并重命名为 iris.key;
$ mkdir -p /Users/myhome/iris/20194
$ cp 'InterSystems IRIS for Health (Container)_2019.4.0_Docker(Ubuntu)_12-31-2019.ISCkey' /Users/myhome/iris/20194/iris.key
$ cd /Users/myhome/iris/20194
$ ls
iris.key
使用为持久性存储创建的文件夹启动 IRIS;
$ docker run --name iris --init --detach --publish 52773:52773 --volume `pwd`:/external intersystems/irishealth:2019.4.0.379.0 --key /external/iris.key
$ docker ps -a
CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES
009e52c121f0 intersystems/irishealth:2019.4.0.379.0 "/iris-main --key /e…" About a minute ago Up About a minute (healthy) 0.0.0.0:52773->52773/tcp iris
很好! 您现在可以连接到正在运行的容器上的系统管理门户。 我使用的登录名/密码是 SuperUser/SYS;您第一次登录时会被提示更改密码。
导航到 Web 应用程序。 System > Security Management > Web Applications
您将看到一个 Web 应用程序:/api/monitor,这是用于显示 IRIS 指标的服务。
您无需执行任何操作即可返回指标,它直接可用。
在以后的帖子中,我们将使用 Prometheus 或 SAM _抓取_此端点,以设置的间隔收集指标。 但现在,让我们看一下为此实例返回的指标的完整列表。 例如,在 Linux 和 OSX 上,一个简单的方法是使用 curl 命令发出一个 HTTP GET。 例如,在我的(几乎不活动的)容器上,列表的开头为:
$ curl localhost:52773/api/monitor/metrics
:
:
iris_cpu_usage 0
iris_csp_activity{id="127.0.0.1:52773"} 56
iris_csp_actual_connections{id="127.0.0.1:52773"} 8
iris_csp_gateway_latency{id="127.0.0.1:52773"} .588
iris_csp_in_use_connections{id="127.0.0.1:52773"} 1
iris_csp_private_connections{id="127.0.0.1:52773"} 0
iris_csp_sessions 1
iris_cache_efficiency 35.565
:
:
等等。 在生产系统上,该列表可能非常长。 我在帖子末尾转储了完整列表。
另一个实用方法是使用 Postman 应用程序,但还有其他方法。 假定您已安装适合您的平台的 Postman,则可以发出 HTTP GET 并查看返回的指标。
暂时就这么多内容。 在下个帖子中,我将从收集 Prometheus 中的数据开始,并查看一个 Grafana 仪表板示例。
生产系统将提供更多指标。 从一些标签中可以看出,例如 {id="IRISLOCALDATA"} ,有一些指标与数据库有关,或者按进程类型对应于 CPU {id="CSPDMN"}。
iris_cpu_pct{id="CSPDMN"} 0
iris_cpu_pct{id="CSPSRV"} 0
iris_cpu_pct{id="ECPWorker"} 0
iris_cpu_pct{id="GARCOL"} 0
iris_cpu_pct{id="JRNDMN"} 0
iris_cpu_pct{id="LICENSESRV"} 0
iris_cpu_pct{id="WDSLAVE"} 0
iris_cpu_pct{id="WRTDMN"} 0
iris_cpu_usage 0
iris_csp_activity{id="127.0.0.1:52773"} 57
iris_csp_actual_connections{id="127.0.0.1:52773"} 8
iris_csp_gateway_latency{id="127.0.0.1:52773"} .574
iris_csp_in_use_connections{id="127.0.0.1:52773"} 1
iris_csp_private_connections{id="127.0.0.1:52773"} 0
iris_csp_sessions 1
iris_cache_efficiency 35.850
iris_db_expansion_size_mb{id="ENSLIB"} 0
iris_db_expansion_size_mb{id="HSCUSTOM"} 0
iris_db_expansion_size_mb{id="HSLIB"} 0
iris_db_expansion_size_mb{id="HSSYS"} 0
iris_db_expansion_size_mb{id="IRISAUDIT"} 0
iris_db_expansion_size_mb{id="IRISLOCALDATA"} 0
iris_db_expansion_size_mb{id="IRISSYS"} 0
iris_db_expansion_size_mb{id="IRISTEMP"} 0
iris_db_free_space{id="ENSLIB"} .055
iris_db_free_space{id="HSCUSTOM"} 2.3
iris_db_free_space{id="HSLIB"} 113
iris_db_free_space{id="HSSYS"} 9.2
iris_db_free_space{id="IRISAUDIT"} .094
iris_db_free_space{id="IRISLOCALDATA"} .34
iris_db_free_space{id="IRISSYS"} 6.2
iris_db_free_space{id="IRISTEMP"} 20
iris_db_latency{id="ENSLIB"} 0.030
iris_db_latency{id="HSCUSTOM"} 0.146
iris_db_latency{id="HSLIB"} 0.027
iris_db_latency{id="HSSYS"} 0.018
iris_db_latency{id="IRISAUDIT"} 0.017
iris_db_latency{id="IRISSYS"} 0.020
iris_db_latency{id="IRISTEMP"} 0.021
iris_db_max_size_mb{id="ENSLIB"} 0
iris_db_max_size_mb{id="HSCUSTOM"} 0
iris_db_max_size_mb{id="HSLIB"} 0
iris_db_max_size_mb{id="HSSYS"} 0
iris_db_max_size_mb{id="IRISAUDIT"} 0
iris_db_max_size_mb{id="IRISLOCALDATA"} 0
iris_db_max_size_mb{id="IRISSYS"} 0
iris_db_max_size_mb{id="IRISTEMP"} 0
iris_db_size_mb{id="HSLIB",dir="/usr/irissys/mgr/hslib/"} 1321
iris_db_size_mb{id="HSSYS",dir="/usr/irissys/mgr/hssys/"} 21
iris_db_size_mb{id="ENSLIB",dir="/usr/irissys/mgr/enslib/"} 209
iris_db_size_mb{id="IRISSYS",dir="/usr/irissys/mgr/"} 113
iris_db_size_mb{id="HSCUSTOM",dir="/usr/irissys/mgr/HSCUSTOM/"} 11
iris_db_size_mb{id="IRISTEMP",dir="/usr/irissys/mgr/iristemp/"} 21
iris_db_size_mb{id="IRISAUDIT",dir="/usr/irissys/mgr/irisaudit/"} 1
iris_db_size_mb{id="IRISLOCALDATA",dir="/usr/irissys/mgr/irislocaldata/"} 1
iris_directory_space{id="HSLIB",dir="/usr/irissys/mgr/hslib/"} 53818
iris_directory_space{id="HSSYS",dir="/usr/irissys/mgr/hssys/"} 53818
iris_directory_space{id="ENSLIB",dir="/usr/irissys/mgr/enslib/"} 53818
iris_directory_space{id="IRISSYS",dir="/usr/irissys/mgr/"} 53818
iris_directory_space{id="HSCUSTOM",dir="/usr/irissys/mgr/HSCUSTOM/"} 53818
iris_directory_space{id="IRISTEMP",dir="/usr/irissys/mgr/iristemp/"} 53818
iris_directory_space{id="IRISAUDIT",dir="/usr/irissys/mgr/irisaudit/"} 53818
iris_disk_percent_full{id="HSLIB",dir="/usr/irissys/mgr/hslib/"} 10.03
iris_disk_percent_full{id="HSSYS",dir="/usr/irissys/mgr/hssys/"} 10.03
iris_disk_percent_full{id="ENSLIB",dir="/usr/irissys/mgr/enslib/"} 10.03
iris_disk_percent_full{id="IRISSYS",dir="/usr/irissys/mgr/"} 10.03
iris_disk_percent_full{id="HSCUSTOM",dir="/usr/irissys/mgr/HSCUSTOM/"} 10.03
iris_disk_percent_full{id="IRISTEMP",dir="/usr/irissys/mgr/iristemp/"} 10.03
iris_disk_percent_full{id="IRISAUDIT",dir="/usr/irissys/mgr/irisaudit/"} 10.03
iris_ecp_conn 0
iris_ecp_conn_max 2
iris_ecp_connections 0
iris_ecp_latency 0
iris_ecps_conn 0
iris_ecps_conn_max 1
iris_glo_a_seize_per_sec 0
iris_glo_n_seize_per_sec 0
iris_glo_ref_per_sec 7
iris_glo_ref_rem_per_sec 0
iris_glo_seize_per_sec 0
iris_glo_update_per_sec 2
iris_glo_update_rem_per_sec 0
iris_journal_size 2496
iris_journal_space 50751.18
iris_jrn_block_per_sec 0
iris_jrn_entry_per_sec 0
iris_jrn_free_space{id="WIJ",dir="default"} 50751.18
iris_jrn_free_space{id="primary",dir="/usr/irissys/mgr/journal/"} 50751.18
iris_jrn_free_space{id="secondary",dir="/usr/irissys/mgr/journal/"} 50751.18
iris_jrn_size{id="WIJ"} 100
iris_jrn_size{id="primary"} 2
iris_jrn_size{id="secondary"} 0
iris_license_available 31
iris_license_consumed 1
iris_license_percent_used 3
iris_log_reads_per_sec 5
iris_obj_a_seize_per_sec 0
iris_obj_del_per_sec 0
iris_obj_hit_per_sec 2
iris_obj_load_per_sec 0
iris_obj_miss_per_sec 0
iris_obj_new_per_sec 0
iris_obj_seize_per_sec 0
iris_page_space_per_cent_used 0
iris_phys_mem_per_cent_used 95
iris_phys_reads_per_sec 0
iris_phys_writes_per_sec 0
iris_process_count 29
iris_rtn_a_seize_per_sec 0
iris_rtn_call_local_per_sec 10
iris_rtn_call_miss_per_sec 0
iris_rtn_call_remote_per_sec 0
iris_rtn_load_per_sec 0
iris_rtn_load_rem_per_sec 0
iris_rtn_seize_per_sec 0
iris_sam_get_db_sensors_seconds .000838
iris_sam_get_jrn_sensors_seconds .001024
iris_system_alerts 0
iris_system_alerts_new 0
iris_system_state 0
iris_trans_open_count 0
iris_trans_open_secs 0
iris_trans_open_secs_max 0
iris_wd_buffer_redirty 0
iris_wd_buffer_write 0
iris_wd_cycle_time 0
iris_wd_proc_in_global 0
iris_wd_size_write 0
iris_wd_sleep 10002
iris_wd_temp_queue 42
iris_wd_temp_write 0
iris_wdwij_time 0
iris_wd_write_time 0
iris_wij_writes_per_sec 0
2020 年席卷全球的新冠疫情使每个人都在关注与 COVID-19 有关的新闻和数字。
为什么不趁这个机会去创造一些简单直观的东西,来帮助关注全球的疫苗接种数量呢?
为了应对这一挑战,我使用了 Our World in Data 提供的数据,他们的使命是提供解决全球最大问题所需的研究和数据。
他们在 Github 上有一个专门的 COVID-19 数据仓库,我采用了疫苗接种数据来完善我的跟踪器。
如果你不了解他们,去调查一下吧,这值得你花上一些时间。 Github 仓库
应用程序 iris-vaccine-tracker 有三个不同页面。
主仪表板提供全球疫苗接种情况的快速概览。
第一个小组件提供以下信息:
第二个小组件提供了一个疫苗接种时间线视图,其中包括疫苗接种数量最多的前 10 个国家/地区。
第三个小组件提供了排名靠前的国家/地区的条形图,显示迄今为止的疫苗接种总数。
最后一个小组件展示疫苗的分布情况,哪些疫苗正在被使用以及所占的百分比。
![]()
数据表显示主仪表板汇总数据的详细信息。
![]()
热图是一种不同的视图,它使用我们已经在主仪表板和数据表中使用的信息,但现在使用 Country 持久化表提供的详细信息。 amCharts 库使用 ISO Code Alpha2、Country Name 和 Value 创建这个令人惊叹的图表。
![]()
http://iris-vaccine-tracker.eastus.cloudapp.azure.com:52773/csp/irisapp/index.html
如果您喜欢本应用程序,并认为我值得您投票,请为 iris-vaccine-tracker 投一票!
大家好, 现在是九局下半,但在我们的技术世界大赛还留了几手
大家好!
我想跟大家分享一个个人项目,该项目始于工作中的一个简单需求:“能否知道我们使用了多少个Caché许可证?”
在阅读社区的其他文章时,我发现了一篇David Loveluck写的非常棒的文章:APM——使用Caché History Monitor。
我根据David的这篇文章,开始使用Caché History Monitor并显示所有这些信息。
在面临“选择哪种很酷的技术”这个问题时,我决定使用简单而强大的CSP,这样我的客户可以认识到Caché不仅仅是MUMPS/终端。
在创建了页面以显示许可、数据库增长和CSP会话的历史记录后,我决定为System Dashboard和进程页面创建一个新设计。
我的Caché实例运行得良好。
但是,如果使用IRIS呢?
我们不必等待SAM发布才开始规划和试用该API来监控IRIS实例。在以后的文章中,我将更深入地探讨可用的指标及其意义,并提供一些交互式仪表板的示例。首先,我将介绍一下相关背景和一些问题及答案。
IRIS(和Caché)一直在收集自身及其运行平台的数十个指标。收集这些指标来监控Caché和IRIS的方法向来有很多。我发现,很少有安装软件使用IRIS和Caché的内置解决方案。譬如,History Monitor作为性能和系统使用指标的历史数据库,已经推出很长时间了,但它没有简便方法可实时显示这些指标和仪表系统。
IRIS平台解决方案(以及整个业界)正在从仅在一些本地实例上运行的单体式应用程序过渡到“随处”部署的分布式解决方案。在许多用例中,原有的IRIS监控方案并不适用于这些新的模式。InterSystems没有做重复工作,而是将目光投向当前流行的、经过验证的监控和告警开源解决方案。